💻 Б10: Креирање на FASTA фајл¶
Опис на барање
Да се разработи поглавје 5.5 за креирање на сопствени записи во fasta формат.
Правење на FASTA фајл од транслација на протеините до првиот стоп кодон на Yersinia pestis FASTA фајлот. Есенцијално идејата е од ДНА да направам нов FASTA фајл но за преведените протеини.
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio import SeqIO
def make_protein_record(nuc_record):
"""Returns a new SeqRecord with the translated sequence (default table)."""
return SeqRecord(
seq=nuc_record.seq.translate(to_stop=True),
id="trans_" + nuc_record.id,
description="translation of CDS, using default table",
)
proteins = (
make_protein_record(nuc_rec)
for nuc_rec in SeqIO.parse("yersinia-pestis-fasta/NC_005816.fna", "fasta")
)
SeqIO.write(proteins, "yersinia-pestis-fasta/NC_005816_translations.fasta", "fasta")
protein_fasta = SeqIO.read("yersinia-pestis-fasta/NC_005816_translations.fasta", "fasta")
print(f'Нов FASTA запис NC_005816_translations.fasta: {protein_fasta.seq}')
Нов FASTA запис NC_005816_translations.fasta: CNERCNSDPHPTPEIRSRG